Наследие и научно-организационная деятельность:Главным делом жизни Виллие стало создание и развитие
Императорской Медико-хирургической академии в Санкт-Петербурге. На посту её президента (1808-1838) он:
- Превратил академию в ведущий учебный и научный медицинский центр страны.
- Создал при академии первоклассные анатомические и патологоанатомические музеи.
- Основал и финансировал «Врачебные записки» — один из первых российских медицинских журналов.
- Был инициатором создания в Санкт-Петербурге специализированных больниц (Обуховской и Максимилиановской).
Яков Виллие, будучи лейб-хирургом российских императоров, от Павла I до Николая I, пользовался их безграничным доверием. Он оставил после себя не только фундаментально организованную военно-медицинскую службу, но и плеяду блестящих учеников, продолживших его дело. Его вклад в медицину носил прежде всего государственно-организационный характер, что делает его фигуру уникальной и невероятно значимой для истории России.